Las aplicaciones externas que dices no te las pilla todas, por ejemplo, si quieres usar AdFree para quitar la publi de las aplicaciones, Permission para restringir permisos de aplicaciones, Market enabler para bajarte cosas de otras regiones (como google music) o picme para hacer capturas de pantalla necesitas ser root. Estos son ejemplos de aplicaciones que tu sin ser root no puedes usar, por mucho que tengas acivados los origenes desconocidos. 

La crom ofrece cosas como ahorro de bateria, versiones de android no disponibles para tu terminal, personalizacion de escritorio, etc.

Ser root, quiere decir ser superusuario, tener el control total de tu telefono, es como piratear la psp, que tienes acceso a un recovery, personalizar los iconos, ejecutar copias de seguridad, etc.

Si tienes alguna duda mas o no me he explicado bien, dinoslo e intentaremos explicartelo de otra manera ;-)

Saludos ;-)